Podnoszona często w wielu dyskusjach kwestia czystości nie ma znaczenia w przypadku rzetelnych firm, posiadających odpowiednie systemy jakości i weryfikacji czystości oleju rybiego. Obecnie stosowane technologie pozyskujące olej rybi pozwalają na redukcję potencjalnych zanieczyszczeń praktycznie do zera. Większość badań klinicznych było przeprowadzone na olejach rybich, jednak z punktu widzenia efektu działania jest to ta sama cząsteczka, więc jej działanie bez względu na źródło pochodzenia jest takie samo.